Πρύτανης ακόμα και από ξένο πανεπιστήμιο θα μπορεί να διοικεί τα νέα ΑΕΙ σύμφωνα με το κείμενο της διαβούλευσης που δόθηκε στο Ρέθυμνο. Τα ανώτατα εκπαιδευτικά ιδρύματα γίνονται αυτοδιοικούμενα όργανα που θα αποφασίζουν τόσο για τη μισθοδοσία όσο και για τις προσλήψεις που θα πραγματοποιούν. Στο συμβούλιο διοίκησης τους θα μετέχουν ακαδημαϊκά αλλά και εξωτερικά μέλη. ελευθεροτυπία